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水产养殖中使用EM菌，也就是微生物益生菌来改善养殖环境，促进水产机体调节在先进的科学养殖中已经被普遍应用。而且对于使用EM菌来进行水产养殖的功效，十几年的国内外对比研究也都表示出EM菌的卓越效果，不管是养虾，养鱼还是养殖鲍鱼，扇贝等海产品，都是可以使用EM菌来改善维护养殖。
水产EM菌在虾池中使用时，它们能将池水中的对虾排泄物、残饵以及其他生物的尸体等有机物转化为无机物，以减少其毒性。这个过程分为两个阶段，第一步是有益菌把蛋白质和氨基酸分解为氨和其他无机氮的过程，称为含氮有机物的矿化作用。第二步是由吸收无机物的自养菌来完成。养殖中、后期，为促进虾池的物质循环，降低有机物污染程度，使用EM菌以达到净化水质和底质的目的。
使用方法：
1、清塘：用茶籽饼彻底清塘清除野杂鱼。
2、水体消毒：养虾苗的水深，最好在70—80厘米，在投苗前3—7天用EM菌稀释液泼洒水面，培养基础生物饵料。
3、每亩投苗3万尾，放苗后15天用EM菌泼洒一次，每次0.5—1公斤。
4、用好旺农EM菌200倍的稀释液喷洒虾料，直接投喂。
5、虾养殖中、后期，为促进虾池的物质循环，降低有机物污染程度，每亩泼洒2公斤EM菌原露可达到改善净化水质、底质的目的，同时又有助于维持水色的稳定。
6、虾池水质透明度始终保持在30—50厘米之间。水色为黄绿色或黄褐色。雨后用二嗅海因消毒，基本没用其他药物。
7、要使EM菌在水产养殖上取得明显成效，应连续配套使用。即在用EM菌制作各种饲料的同时，按要求用好旺农EM菌稀释液喷洒干池和水面。
8、注意事项：EM菌不能与各种抗生素和杀虫剂等药物同时使用（非用不可应间隔4—6天）。若不小心混用造成池水变臭，要立即换水，再按要求用EM菌拌料投喂和稀释液喷洒。